Александра Кнайфеля можно назвать поэтом тишины, несмотря на парадоксальные составы исполнителей, задействованные в его сочинениях, например своды храма или шестнадцатихорный состав. Весьма экстравагантно и его обращение к различным течениям массовой и народной культуры: диско, рэп, босанова, фолк. Но, как правило, одной попыткой в каждом из этих направлений все и исчерпывалось. Музыку ленинградского композитора стали активно исполнять и записывать на Западе с конца 1980-х годов. Он первым из отечественных композиторов получил престижную немецкую стипендию DAAD, его музыке (а также музыке Дж. Кейджа, К. Штокхаузена и Ф. Заппы) был посвящен Франкфуртский фестиваль 1992 года. Компакт-диски с записями сочинений Александра Кнайфеля выходили на лейбле ECM Records, одним из первых исполнителей многих его опусов стал виолончелист и дирижер Мстислав Ростропович, благодаря которому реализовались премьеры сложнейших в исполнительском плане произведений, таких как «Восьмая глава» для храма, четырех хоров и виолончели (премьера в Вашингтоне в 1995 году), опера «Алиса в Стране Чудес» (1994–2002/2004) «для театра играющих, поющих и танцующих» (премьера в Королевской опере Нидерландов, Амстердам, 2001). В творческом портфеле композитора более ста произведений в разных жанрах (петербургское издательство «Композитор» приступило к изданию собрания сочинений автора).
По воспоминаниям Александра Кнайфеля, как-то раз у него завязался любопытный диалог с Андресом Мустоненом, эстонским скрипачом и дирижером, основателем ансамбля старинной музыки «Hortus Musicus»: «Андрес Мустонен мне говорил: “Я играю всякую музыку, и кто-то из композиторов на земле, кто-то между небом и землей, а ты все время на небе — это же невозможно!” А я ему отвечал в том смысле, что когда дол и небо сливаются, ты уже не можешь различить, где что, и слышишь оба пространства — когда не только там, но и здесь. Это и есть единение» (из книги «Фермата: Разговоры с композиторами» А. Мунипова). «То, что делает композитор, можно <…> определить как создание ситуации диалога, в котором таинственным путем может вспыхнуть искра взаимопонимания, и слушателю тогда откроется сокровенный смысл художественного высказывания» (С. Савенко).
«Идея числа, найденная композитором интуитивным путем» (С. Савенко) является одной из констант композиционно-технического устройства сочинений Александра Кнайфеля. «Пока я не найду ключевое число или принципиальный числовой порядок, я не могу начать сочинять», — говорит автор. Эта числовая символика имеет обобщенный характер, выступая в качестве своеобразной орбиты того или иного сочинения, вокруг которой кружатся вариативные элементы — преимущественно одно-двухголосное письмо, умеренные динамические краски, редкая смена регистров.
Мир музыки Александра Кнайфеля на духовные тексты — особая страница творчества композитора, о чем сам автор сообщил в одном из интервью: «Кажется, Антоний Сурожский говорит, что тексты первых библейских книг описывают мир до падения, и у нас просто нет словаря, которым можно это выразить. Слова-то есть, но они не то, что они говорят. И продраться через это как будто бы невозможно. И тогда
я подумал, что словами, допустим, не продраться, а словами с музыкой — есть шанс. Когда слова в неразрывной связи с музыкой, возникает нечто, с помощью которого вы можете ощутить эту жизнь» (из книги «Фермата» А. Мунипова).
Многие сочинения Александра Кнайфеля так называемого медленного периода довольно требовательны и к слушателю, и к исполнителю. Это, как правило, долгие, тихие вещи, они требуют особой концентрации, деятельного вслушивания. К этому композитор пришел интуитивно: «Это было время открытия. Знаете, какого? Что любовь — это абсолютный резонанс абсолютной энергии. Я пытался дать себе отчет в том, почему все движется любовью, которая движет солнце и светила. Вместо того чтобы просто сказать: “Любовь есть Бог”, я продирался, понимаете? Это очевидная вещь, но к ней надо было прийти» (из книги «Фермата» А. Мунипова).
Многие сочинения Александра Кнайфеля часто оказываются в одном ряду с минималистами и таким явлением, что сегодня называют расхожим понятием «новая консонантная музыка», имея в виду творчество Георга Пелециса, Арво Пярта, Хенрика Миколая Гурецкого, Джона Тавенера. На этом фоне опусы Александра Кнайфеля сильно отличаются «своей внутренней радикальностью» (А. Мунипов), но иногда все же многие меломаны не сразу чувствуют эту разницу. Вот как об этом говорит сам композитор: «Понимаете, перепутать-то можно легко: взять мою пьесу и исполнить в этом ряду. И она будет естественно звучать, можно будет даже провести разные параллели, но они все равно вам ничего не объяснят. Вы же чувствуете, что она иная, просто по происхождению. Даже если это короткая пьеса, пусть даже минутная — в ней ведь слышится все, о чем мы с вами тут говорим. И люди это чувствуют, им это почему-то нужно. Хотя, конечно, не приглядевшись, могут и перепутать. Мне, с одной стороны, совестно, что я зову в такие миры. А с другой, я видел, как переживали их люди, совершенно к этому не готовые, и как те на них влияли. <…> И если каждый это почувствует, и будет тот самый собор. В котором мы все разные, но мы едины и ликуем с замиранием сердца, что у нас такой Отец, что мы — Его дети и что есть пространства, где мы это можем осознать» (из книги «Фермата» А. Мунипова). Яркий тому пример — «Утéшителю», молитва Святому Духу (1995) для смешанного хора a cappella.